BlochSolver実行のための入力テキスト（command.txt）の書き方
BlochSolverは，さまざまなパルスシーケンス，画像マトリクス数，画像サイズ，サブボクセル数，数値ファントム，静磁場分布，勾配磁場非線形性，高周波磁場分布（送受信）に対応している．
それらは，ユーザーズマニュアルなどに詳しく記載されているが，ここでは，第5章～第17章で解説したパルスシーケンスのBlochシミュレーションを実行するための，パラメタの設定に関して説明する．これらのパラメタを設定するためのファイルが，command.txtというテキストファイルである．
基本的なcommand.txtの例（先頭の行番号は実際は説明のため付加）：
1: set dim 256 256 256
2: set actual-dim 220.0 220.0 220.0
3: set subvoxel-dim 1 1 32
4: set pd "./phantom/3T_brain/pd.flt" dtype=float32 factor=1.0 offset=0.0
5: set t1 "./phantom/3T_brain/t1.flt" dtype=float32 factor=1.0 offset=0.0
6: set t2 "./phantom/3T_brain/t2.flt" dtype=float32 factor=1.0 offset=0.0
7: set sequence "./sequence/SequenceGenerator14/2D_PDW_MS_FSE.seq.py"
8: start
9: save complex "./result/${DATE}/${SERIAL_ID}-${SEQUENCE_NAME}-complex.flt"
- quit
1行目には，数値ファントムのマトリクスサイズを整数値で指定する．x，y，zの順番に指定する．
2行目には，数値ファントムの実際のサイズをx，y，zの順番に指定する．単位はmmである．
3行目には，サブボクセル数をx，y，zの順番に指定する．
4行目には，プロトン密度分布のファイル名を指定する．データタイプは，32ビット浮動小数点数，乗数（倍率）と加える数を，factorとoffsetで指定する．データタイプは，他にもdouble，int32などが使用可能である．
5行目には，T1分布のファイル名を指定する．データタイプなどは，上記と同様である．
6行目には，T2分布のファイル名を指定する．データタイプなどは，上記と同様である．
7行目には，パルスシーケンスファイル名を指定する．
静磁場分布，勾配磁場非線形性，高周波磁場分布（送信と受信）などは，別途指定しても良いが，必須ではない．指定されない場合には，いずれも，均一なものとして扱われる．
8行目は，Bloch simulationの計算の開始である．
1～7行目に記載された内容が，BlochSolverの文法に沿っていない場合や，ファイルが見つからない場合，パルスシーケンスの文法などが不適切な場合などには，エラーコメントが表示される．いっぽう，それらが適切な場合には，計算が開始される．
9行目は，計算結果を保存する命令が記載されている．Resultというフォルダの中の，その日のフォルダ（なければ自動的に作成される）の中に，結果のシリアル番号順に，シーケンスファイルの中に記述されたシーケンス名に，-complex.fltという項目を付加して保存する．complex.fltは，MR信号のreal partとimaginary partが，それぞれ32ビット浮動小数点数で，ペア（複素数）として保存されていることを表している．
10行目は，このバッチファイルが終了することを示している．
以下は，第5章～第17章で紹介したパルスシーケンスで使用したサブボクセル数の例である．ただし，以下のシーケンスは，axial sliceを前提としているため，z方向（スライス方向）のサブボクセルが多くなっているが，coronal sliceではy方向，sagittal方向ではz方向のサブボクセルを多くする．ただし，2D_SPGR，3D_SPGR，MPRAGEの場合には，リード方向のサブボクセル数を増加させる．
2D gradient echo (RF spoiled) : 4 x 1 x 4
2D balanced SSFP : 1 x 1 x 4
2D Spin Echo : 1 x 1 x 4
2D GRE-EPI : 1 x 1 x 4
2D SE-EPI : 1 x 1 x 4
2D_multiple_GRE : 1 x 1 x 4
2D_multiple_SE : 1 x 1 x 32
2D_multislice_multiple_SE : 1 x 1 x 32
2D_PDW_FSE (single slice) : 1 x 1 x 32
2D_T1W_FSE (single slice) : 1 x 1 x 16
2D_T2W_FSE (single slice) : 1 x 1 x 32
2D_FLAIR (single slice) : 1 x 1 x 32
2D_MS_PDW_FSE (single slice) : 1 x 1 x 32
2D_MS_T1W_FSE (single slice) : 1 x 1 x 16
2D_MS_T2W_FSE (single slice) : 1 x 1 x 32
2D_MS_FLAIR (single slice) : 1 x 1 x 32
3D_SPGR : 32 x 1 x 1
MPRAGE : 32 x 1 x 1
3D_FSE : 160 x 1 x 1
2D_Radial : 1 x 1 x 4
2D_Spiral : 1 x 1 x 4